主に下記のケースが連絡定期券となりませんので、ご参考ください。

（1）連絡定期券の発売可能な範囲を超えた区間をご利用の場合
（2）発駅・着駅共に私鉄であり、間にJR線を挟むようなご利用の場合

なお（2）の場合は、PASMOにて連絡定期券が発売可能であることがありますので、詳しくは発駅・着駅となる私鉄（地下鉄）へお問合せください。

【関連リンク】
Suica連絡定期券の購入
JR線と私鉄・地下鉄線の定期券を一枚のSuicaで。
インターネット定期券申込サービス「ネットde定期」